Além do valor cénico, a zona envolvente apresenta micro-habitats costeiros, onde pequenas plantas adaptadas à salinidade e aves marinhas encontram abrigo nas arribas. É também parte integrante do sistema de falésias que continua em constante transformação, devido à ação contínua das ondas e do vento.
A Gruta da Boneca representa, assim, não só um ponto fotogénico, mas também um exemplo vivo da dinâmica geológica da costa algarvia, onde natureza, tempo e mar trabalham juntos para moldar a paisagem.
